The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico
Selene Záratea✉, Blanca Taboadab✉, José Esteban Muñoz‐Medinac, Pavel Išab, Alejandro Sánchez‐Floresd, Célia Boukadidae, Alfredo Herrera‐Estrellaf, Nelly Selem Mojicag, Mauricio Rosales-Riverah, Bruno Gómez‐Gili, Ángel Gustavo Salas-Lais
- aPosgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Ciudad de México, México
- bDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México
- cCoordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México
- dUnidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México
- eCentro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México
- fLaboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad-Unidad de Genómica Avanzada, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Irapuato, México
- gCentro de Ciencias Matemáticas, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia, México
- hCentro de Investigación en Ciencias, Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Cuernavaca, México
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Abstract
The emergence and rapid increase of the B.1.1.7 (Alpha) lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) throughout the world were due to its increased transmissibility. However, it did not displace cocirculating lineages in most of Mexico, particularly B.1.1.519, which dominated the country from February to May 2021. In this work, we analyzed the distribution of B.1.1.7 in Mexico using phylogenetic and haplotype network analyses. Our results show that the states with the highest prevalence of B.1.1.7 (around 30%) were those at the Mexico-U.S. border, which also exhibited the highest lineage diversity, indicating possible introduction events from the United States. Also, several haplotypes were identified with a localized distribution and specific mutations, indicating that sustained community transmission occurred in the country.